6. 하나님 호칭논쟁 : 처음 전래되고 성경이 번역될 당시, 19세기 말과 20세기초에는 천주냐 ,여호와냐 ,하나님이냐 아니면 하느님이냐를 놓고 선교사들 간에 적지 않은 마찰과 갈등과 논란이 있었다 예를 들어 언더우드와 기포드 선교사는 유일신 여호와 하나님을 천주로 호칭해야 한다고 주장한 반면 게일과 마펫 선교사는 하나님으로 호칭해야 한다고 주장하였다.

하나님 호칭논쟁은 우리말에서 유일신 하나님을 나타내는 적절한 단어를 고르는데 어려움이 있었기 때문이다. 영어에서는 여러신들을 여러 신들을 의미하는 신(god)과 대비되는 유일신 하나님(GOD)의 명칭이 있으나 대개 비슷한 한자를 쓰고 있는 중국, 한국, 일본에서는 일반적인 자연신들을 뜻하는 여러 잡신들과 구별되는 유일신을 뜻하는 여호와 하나님에 대한 적절한 호칭이 없었던 것이다.  때문에 이 호칭 문제를 놓고 선교사들사에는 세가지 의견들이 있었다.

첫째, 하늘의 으뜸신이 이름을 여호와 하나님에 대한 이름으로 사용하되, 성경에서 말하는 여호와 하나님을 한국 사람들이 통념적으로 경배하는 신과 구별하여 유일신의 성격과 특징을 가르치는 것이 좋을 것이라는 견해이다. 둘째 상위 신 신개면이라 하더라도 이교도들이 갖고 있는 신 명칭을 빌어 인격적이고 영원한 여호와 하나님의 호칭으로 사용해서는 안되며 결국 그것은 기독교의 본래정신이나 성경의 유일신 개념과도 어긋나기 때문에 도저히 신앙 양심으로 허용할 수 없다는 의견이다. 셋째는 상당수의 선교사들로부터 지지를 받는 견해로 여호와를  뜻하는 이름으로 하님을 사용하자는 주장이다.

선교사 언더우드는 비록 하나님이라는 용어가 언더우드 당시 한국인들이 갖고 있는 상위 신개념인 하늘+님의 의미이지만 그 개념 속에는 유일신의 개념도 담겨있기 때문에 기독교 유일신을 가리키는 호칭으로 사용하여 바로 가르치면 별 문제가 없을 것이라고 판단했기 때문이다.

7. 한국교회의 조상숭배 문제 : 조상숭배는 보편적인 인간의 관습이었다. 그러나 특히 동양, 특히 중국과 한국에서 조상숭배는 단순히 조상에 대한 효를 표하는 예식의 수준을 넘어 종교적인 성격이 강하게 띠게 되었다. 따라서 유일신아에 기초한 기독교가 조선에 전래되는 과정에서 가장 큰 어려움과 논란의 대상이 바로 조상제사문제였다.

천주교의 입장은 마태오 리치의 입장에서와 같이 신앙과 대립되는 것으로 보기보다는 조화되는 것으로 이해했다. 그의 선교방법은 문화위의 복음의 2층 집을 짓자는 것이었다. 그래서 그는 중국의 제사제도를 인정하는 적응식 선교방법을 채택하였다. 그러나 교황 클레멘트 11세가 1715년과 1742년 두차례에 걸쳐 유교적 조상숭배는 성경의 교훈에 어긋나기 때문에 카톨릭교회에서는 용납 할 수 없다며 조상숭배에 대한 금지령을 내렸다.

1791년 한국에서는 신유박해가 일어났고 천주교신자들은 천주교의 가르침에 따라 조상제사를 철저하게 거부하여 무려 10000명의 순교자를 냈다. 그러나 이런 입장도 선교 한세기 반 만에 1939년 조상숭배를 허용하였다. 2차 세계대전을 치르면서 일본과 이탈리아와 동맹을 맺으면서 정치적인 이류로 신사참배와 제사문제를 허락한 것이다.

개신교의 입장은 선교초기부터 현재까지 조상숭배에 대해 반대적인 입장을 취하였다. 개신교 선교사들은 천주교와 마찬가지로 정면돌파 작전을 취했다. 중국에서 중국 중앙선교 협의회가 조상숭배와 기독교와의 갈등을 해소하기 위해 조상숭배 대신 추도식으로 대치하기로 합의를 보면서 이것이 자연스럽게 한국 개신교에 영향을 주어 오늘날 추도식으로 정착되었다. 제사를 죽은 부모에 대한 단순한 효정으로 볼것이냐 아니면 죽은 영혼을 신격화하는 종교적인 것이냐가 선교초기부터 제기되어 왔던 문제의 핵심이고, 지금도 제사자체를 어떻게 볼것이냐 하는 것이 판단의 중요한 관건이다.

기독교는 제사는 조상숭배를 근간으로 하고 있기 때문에 바알신을 금지하는 기독교의 유일신 신앙에서 볼 때 도저히 용납할수 없는 문제이다. 그러나 천주교에서는 연옥설을 믿기 때문에 죽은자를 위한 기도나 미사를 허용한다. 기도와 미사를 통해 죽은 부모나 조상을 연옥에서 해방시킬 수 있다고 보기 때문에 죽은 자나 조상을 위한 미사를 제도화시키고 있다.

 8. 영아소동사건 : 1888년 개신교 선교 초에 발생한 소위 영아소동이다. 개신교 선교가 시작된지 불과 4년 밖에 되지 않았던 그해 항간에는 외국 선교사들이 한국의 유아들을 유괴해 잡아 먹는다는 소문이 나돌아 드디어는 폭동으로 발전하였던 것이다.

영아 소동의 배경은 1888년 4월 갑자기 천주교에 대한 금교령이 내려진것과 연관이 있다. 금교령은 천주교에 내려졌지만 개신교 단체에도 상당한 영향을 미쳤다. 전도금지령이 내리게 된 직접적인 원인은 표면화되지 않았으나 천주교가 건축을 하는 과정에서 조정의 비위를 건드렸기 때문으로 해석된다. 1888년 5월부터 9월까지 아침예배, 주일예배에 대한 일체의 종교활동이 금지 되었고 지방에서는 기독교 문헌들이 불태워지기도 하였다.

조선정부만 아니라 당시 일반 백성들에게도 여러모로 선교사들에 대한 온갖 루머가 난무하고 있었다. 외국인들이 한국인 악질분자를 돈으로 매수하고는 아이들을 꾀어다가 잡아먹고, 눈알을 빼서는 약용이나 사진현상재료로 사용한다는 음흉한 소문이 항간에 나돌았다. 이 때문에 선교사와 상종하던 관원까지 9명이나 처형받은 일이 있었다.

영아소동은 선교사들에게 직접적인 피해는 없었다. 그러나 정부에서는 영아소동이 국가 질서를 어지럽히고 근거없는 소문이라는 사실을 확인하고는 진화에 나셨다. 이 사건은 당시 왕실과 가까운 선교사들은 영아소동이 민비를 획책하는 적들이 고의로 일으킨 사건으로 분석하고 있었다. 고종과 민비는 외국인들에게 우호적이어서 궁궐에서 열리는 연회나 식사에 초청하는 등 여러 가지 면에서 선교사들에게 호의를 베풀었다. 대원군을 위시한 위정척사파가들이 서민들을 선동해 민비와 그 가족을 파멸시키려는 음모였던 것이다.

금교령과 영아소동은 한국선교에 새로운 장을 여는 계기가 되었다. 첫째 정부가 갖고 있던 편견이 해소되어 두 사건은 오히려 개신교 선교사들과 밀접한 관계를 맺게 만들어 주었다는 사실이다. 둘째는 정부뿐만 아니라 민중과의 관계도 더욱 밀접해지는 계기가 되었다는 사실이다. 처음부터 선교사업에 냉소적이던 한국인들은 이제 전적으로 선교사들을 믿기 시작하였다.

9. 하나의 조선교회 설립논쟁 : 을사보호조약을 통해 한국의 국권을 유린 당하는 엄청난 치욕을 겪던 1905년, 장로교와 감리교가 교파를 초월하여 하나의 기독교회를 선교지 한국에 설립하려는 움직임이 제기 되었다.

북감리교와 남감리교가 한국선교를 시작하면서 장로교 공의회와 감리교 선교회는 교계예양이라는 선교지 분할협정을 맺는등 장로교선교회와 감리교 선교회는 연합적으로 한국선교를 위해 노력하였다

장감연합공의회는 선교사역을 상호협력하고 궁극적으로 한국에 하나의 복음주의 민족교회를 설립하는 목적으로 세워졌다. 장감연합선교회는 하나의 민족교회를 설립하려는 이상을 가지고 선교부에 의견을 타진했다. 그러나 선교부는 신학적인 이유와 교단적인 입장, 칼빈주의 체계에 어떻게 알미니안주의의 감리교가 하나의 독립된 교단을 한국에 설립할 수 있겠는가의 문제에 부딪쳐 무산되고 말았다. 그러나 장감연합선교회는 성서번역, 기독교교육, 문서선교, 의료선교등 여러면에서 활발한 활동을 하였다. 평양숭실대학을 공동으로 운영하였고, 세브란스와 연희전문학교를 공동으로 설립해 운영했다. 코리아 미션필드를 발간하고 연합찬송가를 발간하였다. 그리스도 신문을 발간하였고, 주일학교 공과도 공동으로 만들었다. 이들의 연합의 중심에서는 언더우드가 지대한 역할을 하였다.

10. 개신교 선교정책 : 한국의 개신교에 대한 놀라운 결실은 그들이 사용한 선교정책과 무관하지 않는다는 것이 일치된 견해이다. 대체로 초기 선교사들이 사용했던 선교정책은 의료 및 교육선교, 성경번역, 연합사업, 그리고 선교지 분할정책으로 대별할수 있을 것 같다.

한국에 파송된 개신교 선교사들이 사용한 선교정책 중에 하나는 의료선교였다. 의료선교 뿐만 아니라 교육을 통한 선교에 선교사들은 지대한 관심을 가졌다. 배재학당, 이화학당, 고아원 설립과 여러학교를 설립하여 서양교육을 시작하였다 . 성서번역은 중국과 일본, 국내선교사들에  의해서 진행되었다. 한글 성서번역이 한글 문화에 끼친 영향은 지대하다. 한글성경은 한글을 대중화시키는데 결정적인 역할을 했다.

한국선교가 처음 크게 성공한 이유 가운데 하나는 그들이 독립적으로 활동하지 않고 연합하여 활동했다는 점이다. 연합운동이 가능하게 된 것은 언더우드의 역할이었다.

선교지 분할 협정은 지방색을 나타내는 단점을 드러냈으나, 선교의 효율성을 높이는 역할을 하였다. 협정의 중심내용은 첫째, 5천명 이상의 도시는 공동으로 선교하고, 둘째는 5천명 미만의 도시는 이미 선교를 시작한 선교단체가 기득권을 가지며 6개월 동안 공석일 때는 타 선교회가 선교를 시작해도 좋다. 셋째, 가능하면 선교가 시작되지 않는 지역에 선교를 착수하는 것을 원칙으로 하며 넷째, 감리교나 장로교나 서로 다른 교회를 존중하며, 다섯째 다른 선교지역으로 교인들이 이동할 경우 자유의사대로 이동하되 반드시 목사의 추천서를 받는다. 여섯째 조사들에 대해서는 선교회가 직접적으로 보조금을 지불하지 말 것, 그리고 일곱 번째는 모든 문서의 규격은 통일한다는 내용이었다. 교계예양을 체결한 후 감리교에서는 우리가 그 입장을 받아들일 수 없다고 천명하기는 했지만 , 한국의 선교지 분할 협정은 공식화되기 시작했다.

한국교회의 복음수용과 확장의 과정에서 우리는 다음 몇가지 사실을 발견할 수 있다. 첫째, 한국선교는 다양한 선교단체가 거의 동시에 한국선교를 시작했다는 것이다. 둘째, 천주교와 개신교는 선교방법이 근본적으로 달랐다는 사실이다. 셋째, 우리가 이해하기 힘들 정도로 한국교회는 한국인 스스로에 의해 복음이 전해지기 시작했다는 것이다. 넷째, 한국선교의 과정에서는 일련의 사건들이 아다리가 딱 맞아 떨어지는 경우는 너무도 많이 발견된다. 하나님의 섭리의 개입 이것은 우리가 마지막으로 지적하지 않을수 없다.